หลังรัฐประหารในประเทศไทย พ.ศ. 2549 มหาวิทยาลัยเที่ยงคืนถูกนำเป็นประเด็นว่ามีการลิดรอนสิทธิมนุษยชนและเสรีภาพในการแสดงออก และควบคุมสื่ออินเทอร์เน็ต โดยกระทรวงเทคโนโลยีสารสนเทศและการสื่อสารได้ออกคำสั่งให้ปิดเว็บไซต์มหาวิทยาลัยเที่ยงคืนตั้งแต่เวลา 20.00 น. วันที่ 29 กันยายน พ.ศ. 2549 โดยไม่มีการแจ้งเตือนล่วงหน้า[5] แต่ต่อมา เมื่อวันที่ 10 ตุลาคม พ.ศ. 2549 สมเกียรติ ตั้งนโม เว็บมาสเตอร์ของมหาวิทยาลัยเที่ยงคืน ได้ร้องต่อกรรมการสิทธิมนุษยชนแห่งชาติ (กสม.) โดยกล่าวว่าจากการหาข่าวในทางลับนั้น เรื่องการปิดเว็บไซต์ไม่เกี่ยวกับคปค. แต่อย่างใด การดำเนินการครั้งนี้เป็นการจัดการนอกคำสั่งของคนในกระทรวงไอซีทีซึ่งสมเกียรติก็ทราบว่าเป็นลูกน้องใคร "เพื่อเสี้ยมให้มหาวิทยาลัยเที่ยงคืนไปชนกับ คปค." ซึ่งทางมหาวิทยาลัยเที่ยงคืนไม่ตกเป็นเหยื่อของแผนการดังกล่าว[6] จนวันที่ 20 ตุลาคม พ.ศ. 2549 ตัวแทนกระทรวงไอซีที ได้แถลงยอมรับต่อศาลว่า ออกคำสั่งให้ปิดกั้นเว็บไซต์จริงตั้งแต่เวลา 19.00 น. ของวันที่ 29 กันยายน พ.ศ. 2549 ถึงเวลา 15.00 น. ของวันที่ 30 กันยายน พ.ศ. 2549 แต่หลังจากนั้นได้ยกเลิกการปิดกั้นเว็บไซต์เนื่องจากสถานการณ์ยึดอำนาจได้คลี่คลาย แต่ไม่ทราบว่าการยกเลิกการปิดกั้นนั้นได้คลายการล็อกเลขที่อยู่ไอพีทั้ง 30 เว็บไซต์ของ บริษัทไทยอิสครบถ้วนหรือไม่ เมื่อศาลรับทราบข้อเท็จจริงจากกระทรวงไอซีทีแล้ว จึงออกคำสั่งคุ้มครองชั่วคราวให้กระทรวงไอซีทียกเลิกการบล็อกของเว็บไซต์ ม.เที่ยงคืนแล้ว[7]